点眼麻酔のみで、ほとんど痛みを感じることなく行われます。まず、眼のまわりの皮膚を消毒し、清潔な紙で顔を覆い、開瞼器と呼ばれる器具で眼を開けます。

レーザー照射後、正しい位置にフラップを戻せるように角膜にマークをつけます。

サクションリングで吸引し(陰圧をかけ)眼球を固定します。陰圧がかかると目の前が真っ暗(ブラックアウト)になるか、照明灯の光を弱く感じるようになります。

しっかり固定した後、マイクロケラトームという器械で、角膜のフラップ(蓋)を作成します。

フラップをめくり、角膜実質を露出します。

角膜実質にレーザーを約20〜50秒間照射します。照射時間は近視の度数・乱視の有無によって決定します。

元の位置にフラップを戻し、3分ほど乾かし密着させます。

フラップが密着したことを確認します。強くこすらない限り、フラップがずれることはありません。両眼でおよそ、30〜40分ほどですべてが終了します。